一、综合处。负责执法队日常运转，起草综合性材料、重要文件报告。承担文秘、会务、宣传、政务公开、信访、档案、内务保障等工作。具体承担执法队相关经费预算编制工作，并协助主管部门做好财务管理。参与交通运输行业信用管理等工作。

　　二、案件预审处。负责行政执法相关法律法规和政策的研究，健全执法规章制度。负责相关行政处罚案件的初步法制审核，承担案件的归档、统计、汇总和分析。负责对各执法队的执法活动监察与督促。承担全市重大交通工程和鹿城区、龙湾区、瓯海区、经济技术开发区(浙南沿海先进装备产业集聚区)、瓯江口产业集聚区和生态园的交通工程质量监督执法。承担普法宣传、法制教育、业务培训、证件管理和司法衔接等工作。

　　三、业务指导处。负责协调组织交通执法的联勤联动，创新完善各种工作机制。负责组织协调执法队的交通运输行业安全生产监管工作。负责协同市交通系统各单位、区交通运输部门和高速公路、轨道(城市轨道)交通沿线的政府职能部门开展交通运输行业监督、应急管理、维稳安保、交通战备等工作。组织指导全市超限运输执法工作。参与路域、水域、轨道(城市轨道)交通的环境保护和综合整治、路况提升等工作。

　　四、保障服务处。负责拟定执法装备管理制度并组织落实，实现装备管理科学化、规范化。负责执法车船、装备的统计管理、调配使用和更新维护，提出执法装备采购、更新计划。负责执法站房、设施建设的管理，保障功能齐全、设施完善。协助承担队伍规范化建设的具体工作。

　　五、机动执法队。负责制定交通运输执法信息化发展规划，承担执法科技信息化项目管理和指挥平台、科技装备、网络通讯的运维与保障；协助推进交通运输信息化建设。负责“互联网+监管执法”相关工作。负责全市行政区域内重大疑难案件的查处和交通行业重点区域、重点领域的监管。负责执行机动执法，支援配合各执法队开展专项整治、联合执法、运输保障等工作。

　　六、公路与运输执法一队、二队、三队。承担鹿城区、龙湾区、瓯海区、经济技术开发区(浙南沿海先进装备产业集聚区)、瓯江口产业集聚区和生态园的公路路政、道路运政等执法工作。参与辖区交通运输行业管理和服务相关工作。

　　七、港航执法一队、二队、三队。承担鹿城区、龙湾区、瓯海区、经济技术开发区(浙南沿海先进装备产业集聚区)、瓯江口产业集聚区和生态园所辖水域和沿海水域的水路运政、航道行政、港口行政等执法工作。参与辖区水路交通运输行业管理和服务相关工作。

　　八、高速公路执法一队、二队、三队。承担全市行政区域内高速公路的公路路政、道路运政等执法工作。承担高速公路交通运输行业管理和服务相关工作。

　　九、轨道交通执法队。承担轨道(城市轨道)交通运营以及轨道保护区的执法工作。参与轨道(城市轨道)交通运输行业管理和服务相关工作。